Начало деятельности городских органов управления строительством относится к 1955 году, когда при Исполкоме Ленинградского городского совета было организовано Управление капитального строительства. На него были возложены функции заказчика по строительству жилых домов, школ, больниц, детских учреждений, коммунальных предприятий и сооружений. Начальником управления был назначен А.В. Львов.
В 1974 году Управление было реорганизовано в Главное управление капитального строительства (ГлавУКС), имевшее в своем составе в разное время от 8 до 12 управлений. Главное управление капитального строительства являлось главным застройщиком города, с которым надлежало в обязательном порядке согласовывать размещение, проектирование и строительство всех объектов жилищного, коммунального и культурно-бытового назначения.
Начальником Главного управления капитального строительства с момента его основания и до 1977 года был Д.В. Акопян. Далее за весь период существования Управления этот пост занимали: Н.А. Алпатов, Б.А. Суровцев, А.Н. Алфимов.
С началом административной реформы, в 1992 году, на базе ГлавУКСа был образован Инвестиционный комитет мэрии Санкт‑Петербурга, который выполнял функции инвестора и заказчика по капитальному строительству и реконструкции объектов коммунального хозяйства, жилищного и культурно-бытового назначения как за счет городского бюджета, так и за счет кредитов и других источников финансирования. Председателем комитета был Ю.К. Десятсков.
В 1994 году Инвестиционный комитет был ликвидирован и образован Департамент строительства Санкт‑Петербурга. Директором департамента был назначен В.М. Желиостов.
1 ноября 1996 года приказом Губернатора Санкт‑Петербурга «О мерах по реализации закона Санкт‑Петербурга «О структуре Администрации Санкт‑Петербурга» Департамент строительства был переименован в Комитет по строительству, председателем которого был назначен В.Л. Локтионов.
В 1997 году Комитет по строительству получил полномочия государственного заказчика по строительству объектов социального назначения за счет средств бюджета Санкт‑Петербурга.
С 26 мая 2000 года Комитет возглавил А.И. Вахмистров, одновременно назначенный вице-губернатором Санкт‑Петербурга.
С переходом в ноябре 2003 года на работу в Смольный на должность вице-губернатора, А.И. Вахмистров стал курировать вопросы капитального строительства и реконструкции объектов недвижимости, дорожного строительства, архитектуры и градостроительства, земельной политики Санкт‑Петербурга в целях капитального строительства.
С ноября 2003 года по февраль 2005 года Комитет по строительству возглавлял Е.В. Яцышин.
2004 год в инвестиционно-строительной отрасли был ознаменован переходом на новую процедуру предоставления земельных участков. Согласно принятому в мае Закону Санкт‑Петербурга «О порядке предоставления объектов недвижимости, находящихся в собственности Санкт‑Петербурга, для строительства и реконструкции», предоставление объектов недвижимости должно осуществляться через торги. Именно эта процедура способствовала созданию конкурентной среды на рынке недвижимости, обеспечению инвесторов квалифицированным и долгосрочным предложением.
В феврале 2005 года новым председателем Комитета по строительству был назначен заместитель председателя комитета Р.Е. Филимонов.
1 января 2005 года вступил в силу новый Градостроительный кодекс. Это привело к тому, что возникла необходимость привести законодательство Санкт‑Петербурга в соответствие с федеральными законами в сфере градостроительства. К нормативным актам, требующим корректировки, был отнесен закон, регламентирующий процедуру проведения общественных слушаний. На смену ему был разработан новый закон «О порядке организации и проведения публичных слушаний и информирования населения при осуществлении градостроительной деятельности в Санкт‑Петербурге».
В 2006 году жилищная политика получила статус государственной, стартовал приоритетный национальный проект «Доступное и комфортное жилье – гражданам России», ориентированный на увеличение объемов жилищного строительства.
Кроме того, в 2006 году было принято постановление Правительства Санкт‑Петербурга №167 «О комплексном освоении территорий в целях жилищного строительства», определяющее порядок и условия проведения торгов на право аренды земельных участков для комплексного освоения в целях жилищного строительства. Комплексное освоение предоставило инвесторам ряд преимуществ, поскольку, во-первых, разрабатывая проект планировки и проект инженерного обеспечения территории, победитель торгов может подготовить площадку для себя. Во-вторых, инвестор вправе использовать землю по своему усмотрению: застроить или продать земельные участки.
С марта 2009 года на должность председателя Комитета по строительству вместо Р.Е. Филимонова, ставшего вице-губернатором Санкт‑Петербурга, был назначен В.В. Семененко.
В 2010 году Комитетом по строительству успешно выполнено поручение Президента РФ Д.А. Медведева об обеспечении ветеранов ВОВ квартирами в Санкт‑Петербурге. В том же году принято постановление Правительства Санкт‑Петербурга №1813, закрепившее изменения в порядок взаимодействия исполнительных органов государственной власти Санкт‑Петербурга при подготовке и принятии решений о предоставлении объектов недвижимости для строительства, реконструкции и приспособления для современного использования.
Кроме того, в 2010 году началась реализация Адресной программы «Развитие застроенных территорий в Санкт‑Петербурге», утвержденной в 2008 году.
Сегодня Комитет по строительству Санкт‑Петербурга имеет достаточно широкую сферу деятельности, а именно формирование инвестиционно-строительной политики и нормативно-методической базы, развитие бюджетного строительства, организация государственного строительного заказа, осуществление контроля и надзора в области долевого строительства, комплексное освоение городских территорий и реализация городских целевых программ.
6 апреля 2016 года Комитет по строительству возглавил Сергей Эдуардович Морозов.
А 19 февраля 2018 года вице-губернатор Санкт‑Петербурга Игорь Албин, курирующий строительную отрасль Санкт‑Петербурга, представил нового председателя Комитета по строительству Леонида Кулакова, который был назначен на этот пост на основании распоряжения Правительства Санкт‑Петербурга.
20 января 2020 года новым председателем Комитета по строительству назначен Игорь Вадимович Креславский.